জামিয়াহামিদিয়া পরিচালনার জন্য কয়েকটিগুরুত্বপূর্ণ কমিটি রয়েছে। যেমন: মজলিসে শোরা (সর্বোচ্চ নীতিনির্ধারণীকমিটি), মজলিসে আমেলা (নির্বাহী কমিটি), মজলিসে এন্তেজামিয়া (প্রশাসনিককমিটি) ওমজলিসে ইলমী (একাডেমিক কমিটি) ইত্যাদি।এ সকল কমিটির প্রত্যক্ষতত্ত্বাবধানে জামিয়ার কার্যাদি সুষ্ঠু এবং সুচারুরূপে পরিচালিত হয়ে থাকে।নিম্নে প্রত্যেকটির সংক্ষিপ্ত পরিচিতি উল্লেখ করা হলো।
মজলিশে শুরা (সর্বোচ্চ নীতিনির্ধারণী কমিটি)
এ কমিটি দেশের শীর্ষ ওলামা-মাশায়েখ দ্বারা গঠিত। জামিয়ার সার্বক্ষণিক তত্ত্বাবধান করে। জামিয়ার আভ্যন্তরীণ ও বাইরের যে কোন গুরুত্বপূর্ণ সিদ্ধান্তবলির অনুমোদন দেয়। মজলিসে আমেলা (নির্বাহী কমিটি) মজলিসে এন্তেজামী (পরিচালনা কমিটি) গঠনের জন্য বাছাইপূর্বক সদস্য নিয়োগ দেয়।
মজলিসেআমেলা (নির্বাহীকমিটি)
এ কমিটি শুরা কমিটি কর্তৃক গৃহিত সিদ্ধান্তবলি বাস্তবায়ন করে। জামিয়ার যেকোন নাজুক ও গুরুত্বপূর্ণ বিষয়ে জরুরী ভিত্তিতে পদক্ষেপ গ্রহণ করে। শুরা কমিটির সদস্যগণ থেকে নির্বাচিত সদস্য দ্বারা এ কমিটি গঠিত হয়।
মজলিসেইলমী (একাডেমিককমিটি)
জামিয়ার বিজ্ঞ ও যোগ্য শিক্ষক দ্বারা এ কমিটি গঠিত। গঠনতন্ত্র অনুযায়ী যাবতীয় একাডেমিক কার্যক্রম তত্ত্বাবধান করে। যেমন পাঠ্যসূচী মোতাবেক কিতাব বন্টন, পরীক্ষার তারিখ নির্ধারণ ও পরীক্ষা গ্রহণ এবং তা’লীম-তরবিয়তের মান উন্নয়নে যো কোন জরুরী পরিকল্পনা গ্রহণ করে।